クローン戦争の3年後、ジェダイの騎士団はいまだクローン兵を率いて銀河を奔走していた。分離主義者との戦闘が続いていたのである。そして邪悪なシスが1000年にもわたって企ててきた銀河系征服の陰謀が明らかになった時、共和国軍は崩壊し悪の皇帝が出現してしまう。ジェダイの英雄アナキン・スカイウォーカーはフォースのダーク・サイドに魅了され、皇帝に服従を誓う―ダース・ベイダーとして−。ジェダイは滅ぼされ、オビ=ワン・ケノービとジェダイ・マスターのヨーダは潜伏を余儀なくされる。ここに至り、銀河でたった一つの望みは、アナキンが密かに残した子孫である双子の兄妹のみとなってしまう。この兄妹がルーク・スカイウォーカーとプリンセス・レイア・オーガナとして育っていくこととなるのである。